Katedra systémového inženýrství garantuje společně s Katedrou aplikované informatiky bakalářský studijní program Informatika v ekonomice, magisterský studijní program Informační a znalostní management a doktorský studijní program Systémové inženýrství a informatika.
Mimo to se pedagogové podílejí na výuce v rámci studia MBA ve spolupráci s JMU v Liverpoolu (v české i anglické verzi) a také na výuce zahraničních studentů, přijíždějících studovat na Ekonomickou fakultu v rámci programu Erasmus+.
Absolventi oboru Systémové inženýrství a informatika jsou schopni pracovat jako systémoví inženýři zejména na pozicích systémový analytik a metodik, systémový projektant, specialista na organizační projektování, projektový manažer, procesní expert, business analytik, podnikový informatik nebo návrhář informačních systémů. Absolventi oboru naleznou uplatnění na úrovni vrcholového i středního stupně řízení v podnicích zejména se zaměřením na IT, ve státní správě, ale i ve finančních a pojišťovacích institucích i na pracovištích ekonomického výzkumu.